1回あたりの購入数に上限を設けることはできますか？

カート制限機能にて可能です。
商品ごと、またはバリエーション（サイズやカラー）ごとに、1回の注文における「最大購入数」を設定できます。
カートに入れた数が上限を超えている場合は、アラートを出して購入をブロックするため、大量購入による突発的な在庫切れも防止できます。
カート制限