ディスカウント併用時、割引後の購入金額でポイント付与することは可能ですか？

可能です。
アプリ内＞ポイント設定＞「獲得ポイント計算に利用ポイント以外のディスカウントを含む」にて、「含む」を選択してください。
ポイント利用と、それ以外のディスカウントを適用した結果の金額を基に、獲得ポイントの算出を行います。